新选组目前下辖4个部门——

拔刀队（负责街头巷战、野外冲锋等近身战）。长官为“副长”。

都察局（负责监察队士）。长官为“局长”。

总务司（负责处理行政工作）。长官为“总长”。

财务室（负责掌管财政及后勤）。长官为“室长”。

凌驾在这4位长官之上的，便是大权独揽的新选组总队长。

除此以外，还有不负责具体事务，只负责给总队长出谋划策的“参谋”一职。

拔刀队下辖10支番队，每支番队各有“队长”1名、“副队长”1名、“队士”若干。

都察局下辖基层职务：“目付”。

总务室下辖基层职务：“支配”。

财务室下辖基层职务：“勘定”。

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新选组的组织架构（截至最新章）

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最高管理层——

【京畿镇抚使、新选组总队长】：橘青登

【副长】：土方岁三

【局长】：近藤勇

【总长】：山南敬助

【室长】：（暂时空缺）

【参谋】：清河八郎

拔刀队的10支番队——

【一番队队长】：冲田总司

【二番队队长】：永仓新八